苹果好吃还是蛇果好吃？
这个答案其实挺简单的，只要看看两种水果的基因测序结果就可以了 之前美国农业部USDA用高通量测序的方法比较分析过香蕉（Musa）、苹果（Malus）和提子（Vitis）这3种深受人们喜爱的水果的基因组。最近他们又更新了苹果的基因组文章[1]。这些基因组数据都可以在USDA的Genetics and Genomics of Plants数据库里找到。 这个研究比较了25个不同的品系（genotype）的基因组，其中有6个是苹果，5个是提子，4个是香蕉。由于苹果是一个自交不亲和的植物，需要异花授粉才能结出果实，因此不同品系的遗传变异可以用来追踪不同苹果的杂交历史。
从图中可以看到，在苹果基因组里覆盖区域大约70%的基因存在多态性，而提子和香蕉只有不到50%的基因存在多态性——这意味着相对于其他两个品种，苹果更能适应环境并繁衍后代，在进化上也更有优势。 从基因水平上看，显然苹果是这三个水果中遗传多样性最丰富的。 而这种丰富的基因多样性可能源于苹果较长的栽培历史。已有研究表明，早在公元9世纪中国就已经开始栽培苹果了，而在欧洲直到公元1500年左右才开始普遍种植。 那么问题又来了，那么多遗传变异，哪一些对水果的口感有影响呢？研究者使用了一种生物信息学的方法来预测基因型的表型效应，发现大约300个基因的变异对8个评价指标中的6个有显著影响（P<0.05），其中500多个基因对可溶性糖含量和2个与风味有关的化合物有显著的影响。
通过对这些基因进行功能分析可以发现，绝大多数对这些物质有降低作用的基因属于转录因子家族，而通常这些基因被激活的情况下是可以抑制下游代谢途径的。因此可以推测，导致水果口感的不同可能是由于这些基因的表达程度(level)或细胞中酶的活性(activity)不同造成的。 对于提子、香蕉和苹果这三个水果的研究还显示，不同的物种对环境响应的遗传机制是很相似的。例如，对于耐旱性(drought tolerance)这一性状，很多基因的表达水平或者酶活性在不同物种中都表现出下降的趋势，表明在这些植物抵御干旱胁迫的分子机理方面，可能存在的同源性。 而对于甜味感受这一性状，多个基因的表达水平或者酶活性在不同物种中表现上升的趋势，这可能意味着提高甜味感受性是一种普遍的适应策略。