16-17赛季，周琦加盟新疆男篮，身披新疆男篮战袍完成了他的cba处子秀； 第二个赛季，周琦在新疆男篮阵中站稳了脚跟，成为了球队的首发中锋； 18-19赛季，周琦场均出场34.5分钟，可以得到22.5分12.8篮板2.3助攻1.8抢断2封盖，三项命中率为生涯新高的60%、84%和75%！ 周琦的数据和表现，也帮助新疆男篮打出了队史最好的常规赛战绩——46胜（历史第二好）； 不过到了季后赛，新疆男篮遭到了广东男篮绝地反击，大比分1比4被淘汰出局； 而到了休赛期，周琦和新疆男篮产生了分歧，最终双方不欢而散。 周琦离开了效力两年的新疆男篮，开始寻求新的发展良机。
虽然此前有诸多传闻称北控、上海等地域兄弟球队有意签约周琦，但最后时刻都未能成行； 后来甚至有媒体爆料出当年在nbl时期，周琦与辽宁本钢颇有渊源，不排除日后重回辽宁男篮效力的可能； 但最后周琦还是选择了出国深造，继续自己的梦想； 而选择欧洲联赛，也是周琦梦想的一部分。
苗新宇优质答主周琦此前一直效力于新疆飞虎男篮，但在新疆男篮的这段时间，周琦始终都未能获得一份符合自己身价的顶薪合同。上赛季结束后，双方没有就续约合同达成一致，新疆队也没有为周琦完成预注册，这导致周琦只能暂时赴海外联赛打球。
但此后周琦团队与新疆男篮之间的纠纷继续出现反复，周琦先是获得了征战亚洲杯的资格，但在CBA国内球员注册窗口期截止前，双方仍未能就续约达成一致。此后，周琦的经纪公司盛力世家发表声明，表示周琦将不会代表新疆队出战新赛季的CBA联赛，而是会加盟澳大利亚NBL联赛的新军东南墨尔本凤凰队。
在新赛季海外联赛结束后，周琦仍将面临选择CBA新东家的问题，由于未获得新疆队的澄清信，周琦大概率只能加盟可以为其提供顶薪合同的球队，在此之前上海男篮也曾经表达了对周琦有兴趣的态度。另一方面，新赛季CBA联赛的工资帽标准下降幅度较大，可以提供的顶薪合同的薪资金额大幅度降低，这有可能令周琦的新东家选择再次蒙上阴影。
周琦，CBA联赛最有价值球员，2016年带领中国男篮夺得U17亚锦赛冠军，并荣膺赛事MVP。2018年率领红队获得亚运男篮金牌，帮助中国男篮时隔八年重返亚运之巅。
